Объединенный Открытый Проект

Вообще, писать лучше на том, что лучше знаешь. А в данном конкретном случае особой разницы не будет, т.к. тут все зависит от того, насколько хорошо ты спланируешь структуру базы данных, а все остальное сведется к выполнению SQL-запросов и выводу форм на экран.
САР писать не так уж сложно, но это - довольно трудоемкий процесс (т.к. нужно учитывать всякие ограничения на число показов сайта, тематику, и т.д.). Самое сложное при написании САР - это сделать сокрытие HTTP_REFERER, чтобы пользовательские сайты не начали выкидывать из некоторых рейтингов за накрутку, а также предусмотреть все возможные варианты накруток.
Лично я считаю, что работать на PHP с базами данных намного удобнее, чем на Perl (хотя, может быть, это субъективное мнение, т.к. я терпеть не могу использовать ООП в Web-прогаммировании). Кроме того, PHP-скрипты выполняются как правило, быстрее за счет того, что они обрабатываются непосредственно в процессе Apache, тогда как для Perl-скриптов создается отдельный процесс, что занимает довольно много времени. Исключение бывает при использовании mod_perl или технологии FastCGI, но про mod_perl говорят, что это - уродски обрезанный Perl (я сам не пользовался, поэтому ничего более определенного сказать не могу), а FastCGI поддерживается далеко не всеми даже платными хостингами.

Трудно это потому что нормальных средств для этого не предусмотрено и нужно придумывать способ обойти это (или изучить, как устроена какая-нибудь другая САР, и сделать у себя также, по-моему, это делается с помощью JS).
А если ты вообще раньше не имел дела с Web-программированием, то точно лучше на PHP - это намного легче. (Хотя сам я учился в точности до наоборот - сначала Perl, потом PHP).

Насчет многих - не знаю, но такие есть. Если я не ошибаюсь, к ним относится, например, Rambler TOP 100.
Насколько я знаю, скрывать HTTP_REFERER умеет Neosap.

По-моему, на Neosap так и сделано...
Только вот Flash я не знаю совершенно, поэтому сказать чего-либо определенного не могу.

Можно, но это гораздо сложнее. Там где с MySQL можно ограничиться одним запросом, придется писать несколько десятков строчек кода. Да и работать будет намного медленнее. (И в том, и в другом я убедился на собственном опыте, когда писал движок Intellect Board 1 на Perl без использования БД.)

Да, Intellect Board 2 написан с использованием баз данных. Причем он сделан так, что в будущем будет работать практически с любой базой данных, хотя сейчас работает только с MySQL (надо только чуть-чуть запросы подправить).
А переменная HTTP_REFERER передается броузером (т.е. на клиентской стороне), и в ней указывается та страница, с которой была открыта данная, причем никакой разницы, открывается ли она в отдельном окне или нет, нет. Так что HTTP_REFERER обойти не так-то просто.